ISO 14001 obejmuje cały system zarządzania środowiskowego organizacji. Program MS-DA dotyczy węższego procesu branżowego: badań, kwalifikowania partii, oświadczeń, planowanego wykorzystania oraz procedur i zapisów związanych z destruktem.
Terminy audytu procesu i certyfikacji ISO 14001 oraz przekazanie części dokumentów można skoordynować. Postępowania pozostają jednak odrębne: mają własne kryteria, raporty, przeglądy i decyzje. Certyfikat procesu wydaje Multicert, a certyfikat ISO 14001 akredytowana jednostka partnerska. Uzyskanie jednego certyfikatu nie jest warunkiem uzyskania drugiego.
Sam certyfikat ISO 14001 nie przesądza o spełnieniu § 5. Szczególny sposób wykazania spełnienia wymagania dotyczącego systemu gospodarowania, określony w § 5 ust. 3, wymaga łącznie rejestracji w unijnym systemie ekozarządzania i audytu (EMAS) oraz systemu zarządzania środowiskowego zgodnego co najmniej z PN-EN ISO 14001, który obejmuje wymagane procedury.